本发明公开了一种基于非对称加密的信令交互通信方法及系统，包括：将发信设备设置在上级控制站点，用于获取所在站内装置发出的接点信号，并将接点信号转换为对应的控制指令下发给设置在执行站点的收信设备；总通道及分通道开关投入，发信设备和收信设备分别对通道状态进行检测；在通道状态为正常的情况下，当发信设备接收到站内装置发出的接点信号后，基于非对称加密信令对控制指令加密下发，收信设备接收到控制指令后进行解密并执行出口。本发明能够提高加密流程的实时性、可靠性和安全性，并且提高了现有电力系统的自主行和可控性。