本申请涉及农用杀菌剂技术领域。本申请公开了一种含多粘类芽孢杆菌的杀菌组合物及其制备方法和应用。所述杀菌组合物的原料组成包括：有效成分、大蒜油、聚乙烯吡咯烷酮、葡甘露聚糖、蓖麻油酸酯、助剂；有效成分由多粘类芽孢杆菌和哈茨木霉组成，两者的活菌数量比为：（1~40）×200亿CFU/克：（1~20）×200亿CFU/克。制备方法包括以下步骤：将大蒜油、聚乙烯吡咯烷酮、葡甘露聚糖、蓖麻油酸酯以及助剂搅拌混合，制得混合料；将混合料气流粉碎，加入有效成分，混合，冷冻干燥，制得可湿性粉剂。本申请还公开了所述杀菌组合物在防治马铃薯晚疫病、水稻纹枯病中的应用。本申请所制得的杀菌组合物高效、环保且稳定性高。