本发明涉及水质监测技术领域，公开了一种水电站除防垢及水质监测一体化系统及其工作方法，通过布设在排水泵泵壳上游端和下游端的流量计监测单元，能够获得两处位置的流量数据，再通过分析及控制装置对所获取的流量数据比对得到排水泵泵壳内的结垢情况，当结垢情况严重时，分析及控制装置能够向电气控制系统发送控制信号，控制超声波除垢装置进行除垢，有效地对排水泵泵壳内水垢情况起到了监测作用，同时根据监测情况驱动超声波除垢装置进行除垢工作，大大提高了对排水泵泵壳内所产生的水垢的去除。