本发明涉及一种基于自然资源调查和确权的远程登记系统和方法，属于自然资源登记管理技术，包括用于登记人信息、已确权信息以及管理区域信息的采集和录入的数据采集录入模块，用于将已确权信息发送至个人和管理端进行核准，核准无误后进行确认登记的数据核准模块，用于数据核准模块未确认核准区域的处理，采用多方交互式处理方法，使争议区域得到确认的确权交互处理模块，对确权过程中产生的异常信息进行记录，包括确权交互处理模块中的各项步骤、交互后产生的确权信息更改以及不具有权属人的无人管理资源的异常信息记录模块，对登记过程中产生的各项数据进行存储，用于后期溯源查询的数据存储模块，本发明数据采集充分，工作效率高。