本发明属于锂离子电池技术领域，公开了一种硅基负极复合材料及其制备方法与应用。所述硅基负极复合材料从内向外依次包括内核、中间层和复合包覆层，所述内核为由多孔炭和沉积在所述多孔炭内部孔隙中的纳米非晶硅组成的多孔硅碳材料，所述中间层为无定型碳层，所述复合包覆层包括金属氧化物和固态电解质。本发明的硅基负极复合材料通过多孔硅碳材料缓冲硅的体积膨胀，无定型碳层保持结构完整性，复合包覆层中氧化物完整附着在碳层表面，能避免SEI层的持续生成，固态电解质具有高的锂离子电导率，加快锂离子的动力学过程。因此，本发明的硅基负极复合材料不仅有效降低硅碳复合材料体积膨胀，还提高了电池循环性能和首次循环库伦效率。