本发明提供一种变压器中压侧中性点限流电抗器的控制系统、方法及装置，属于变压器故障控制技术领域。变压器控制系统包括：第一电流传感器获取三相电电流；第二电流传感器获取中性点电流；限流电抗器一端连接变压器中压侧中性点，另一端与接地电闸连接；快速开关并联在限流电抗器两端。方法包括：在第一控制模式下，根据三相电电流和中性点电流，控制快速开关动作；在第二控制模式下，根据继保控制器发送的控制信号和第二电流传感器获取的中性点电流，控制快速开关动作。在本实施例中，配备了两种灵活的控制模式，使得变压器控制系统能够根据实际运行状况进行快速切换，确保系统在各种应用场景下均保持最优性能，从而提高了系统的可靠性和稳定性。