本发明实施例公开了一种磁控变压器的控制方法及磁控变压器，包括：获取第一电流环输出向量、第一电压前馈和第一电流前馈，以及第二电流环输出向量、第二电压前馈和第三电压前馈；然后根据第一电流环输出向量、第一电压前馈和第一电流前馈确定第一参考信号矩阵，以及根据第二电流环输出向量、第二电压前馈和第三电压前馈确定第二参考信号矩阵；最后将第一参考信号矩阵输入至控制整流器的PWM调制器中，得到控制整流器的开关信号并输入至整流器中，以及将第二参考信号矩阵输入至控制逆变器的PWM调制器中，得到控制逆变器的开关信号并输入至逆变器中；即实现了有效控制磁控变压器中的电力电子变换器(即背靠背变换器)部分。