本发明公开了一种分布式微电网控制方法、系统、设备及存储介质。其中，分布式微电网控制方法包括：对分布式微电网的物理结构与能量流动路径进行拓扑分析，建立包括控制中心、多个控制节点的微电网架构；为所述微电网架构部署采集传输设备、建立通信网络、引入安全机制；控制中心基于通信网络和安全机制将采集传输设备采集的数据分配至目标控制节点，实时监测微电网架构的能耗，动态调整控制微电网架构各部分的工作状态。分布式微电网控制系统，包括需求分析模块、架构设计模块、通信系统设计模块、能量管理与优化算法设计模块。本发明为分布式微电网进行拓扑分析，并结合能量流动路径设计微电网架构，具有控制性强、分析全面的特点。