本发明属于加密追踪溯源技术领域，具体涉及一种暗水印加密系统及其溯源方法及存储介质，系统包括暗水印生成模块、暗水印嵌入模块、暗水印解码模块；暗水印生成模块根据预设配置生成暗水印，将其编码发送至嵌入模块；嵌入模块向暗水印生成模块请求暗水印，并利用可配置编辑工具和虚拟打印工具实现暗水印嵌入；暗水印解码模块根据样本中携带的暗水印确定来源以及传递途径，包括样本识别组件、要素识别组件、暗水印提取组件；本发明的暗水印加密系统及其溯源方法及存储介质主要用于创建复杂环境网络下的涉密文件的追踪溯源系统，提高系统内涉密文件的安全性，为实现全传输链节点追踪溯源提供基础。