本发明公开了一种基于径流不确定性的水电站发电量偏差风险评估方法，包括以下步骤：收集水电站发电调度基本参数，确定约束条件；根据水电站发电调度方式，建立水电站发电调度发电量计算模型；输入水电站当前库水位及调度期末水位；以历史径流资料作为计算边界，输入历史年份中当前时段至调度期末水电站入库径流过程；计算各历史径流过程条件下水电站的发电量；应用概率分析方法，分析水电站发电量实现风险。本发明通过建立水电站发电调度模型，以历史径流过程反映径流的不确定性，建立调度期末水位控制目标条件下，当前时段至调度期末水电站发电量概率分布，为评估电站调度期目标发电量偏差评估和电站发电计划制定提供指导。