本发明公开了一种多碳源融合计量方法及系统，包括：基于采集终端设备进行数据采集，获取用户或企业的能耗和职级碳排放测量数据；根据用能设备的类型，基于能源枢纽模型对能耗和职级碳排放测量数据进行归一化处理；根据不同用能设备的空间耦合关系和时间耦合关系，构建基于能源枢纽的多能源耦合模型，并根据所述多能源耦合模型计算不同能源的用能效率；根据多能源系统碳流理论，构建基于能源系统碳流理论的能量流‑碳排放流耦合传递模型，并根据所述能量流‑碳排放流耦合传递模型计算不同能源流的碳流率；根据碳流率和用能效率计算用户或企业不同碳源的用能间接碳排放量。