本发明提供一种电表运行误差估计判断方法及系统，涉及数据处理技术领域，所述方法包括：获取电表运行数据；对电表运行数据进行EMD分解，以得到一系列固有模态函数；根据固有模态函数的特性，识别并去除与噪声相关的模态函数，以得到剩余模态函数；将剩余模态函数进行重构，以获取去噪后的电能表运行数据；对去噪后的电能表运行数据进行分析，以得到最小粗糙度；根据最小粗糙度，以构建电表运行误差估计的决策树；根据构建的决策树，对粗糙度属性进行判断和计算，以实现电能表的运行误差估计。本发明通过最小粗糙度为基础构建电表运行误差估计的决策树，能够快速、准确地划分数据子集并为每个子集分配相应的误差估计值。