本发明公开了一种网站安全漏洞检测方法及系统，方法包括获取待处理Webshell文件，将其中的代码分割为若干个代码段；将目标网站中筛选出的各可交互代码块插入各代码段之间；筛选出代码中的风险字符串并进行改写；采用数据流图混淆法对变量传递过程进行隐藏；将加工后的Webshell文件与选定的检测工具进行交互，基于交互结果对检测工具进行修正，以修正后的检测工具对目标网站进行安全漏洞检测。本发明通过设计通过对Webshell文件进行加工，全面地绕过现有技术中对Webshell的静态检测，进而为开发更为有效的检测和防御策略提供基础，最终为静态检测工具的优化和改进做出方向指导。