本发明公开了一种基于载波时频同步网络集群中节点异常诊断方法及系统，该方法，包括：基于载波时频网络采集时频节点实时测量信息；将所述时频节点实时测量信息分为特征量和异常类型；从所述时频节点实时测量信息中随机选取一部分数据作为验证集，其余部分数据作为训练集，基于决策树生成算法C4.5从训练集中学习一个决策树；根据精准度和召回率评估决策树在验证集的性能，若性能不能达到设定阈值，则对决策树进行剪枝，对剪枝后的决策树进行再训练，直到决策树的性能达到设定阈值或迭代次数超过预设上限。