本发明属于建筑工程技术领域，且公开了一种种植屋面伸缩缝防水结构及其施工方法，所述种植屋面伸缩缝防水结构包括：排水池；防水卷材，所述防水卷材的第一端部夹设在排水池与竖向反坎之间、且向上延伸并封挡所述伸缩缝的出入口；混凝土防护层；过滤板，封挡于所述排水池的进水口处。本发明通过将防水卷材将伸缩缝出入口封堵，简化了施工过程；再修筑混凝土防护层完全覆盖并压贴在防水卷材上，可避免防水卷材脱落，保证防水结构的整体性和耐久性；通过修筑排水池用于承接流下的水并将水及时排出，排水效果较好，而且通过在进水口位置安装过滤板，用于过滤杂物，可减少堵塞的隐患，同时提高了排水效果。