本发明公开了一种CMS协议报文控制命令多级管控的方法及系统，属于电网网络安全技术领域。方法包括：将CMS协议报文管控装置以串行方式接入网络，将全站SCD文件导入装置并解析；装置检测到CMS协议控制报文后，与SCD解析结果比对，若比对不通过则实施管控措施，否则继续下一步；装置检测被控制装置是否在线，若不在线则实施管控措施，否则继续下一步；装置检测控制时间偏差，若偏差大于阈值则实施管控措施，否则继续下一步；装置检测控制命令是否使能，若未使能则实施管控措施，否则继续下一步；装置检测到CMS协议控制报文攻击时实施管控措施，否则放行CMS协议控制报文。本发明实现了对CMS协议控制报文的多级安全校核，保证了自主可控变电站的通信安全。