本发明公开了一种用于低压电流互感器异频电流误差补偿的方法及系统，属于电能计量设备误差测量技术领域。本发明方法，包括：测量工频及异频电流下低压电流互感器CT铁芯的磁导率，计算得到不同频率电路对应磁导率下的低压CT等效电路励磁阻抗参数；测量得到低压CT二次绕组的直流电阻，基于所述直流电阻，计算得到各频率校准量程点下的励磁电流值；基于所述励磁电流值，计算得到各频率下量程点的电流误差值，基于所述电流误差值，计算得到各频率下量程点的异频误差补偿系数，使用所述异频误差补偿系数，对低压CT的异常电流误差进行补偿。本发明有助于大规模、高效率利用异频电流开展低压CT带电校准误差检定，准确判断低压CT投运过程中的计量性能。