本发明公开了一种虚拟电厂运营商及其代理用户的调控收益分配方法及系统，所述虚拟电厂运营商及其代理用户的调控收益分配方法，基于代理用户对虚拟电厂整体的调控贡献度，合理分配虚拟电厂运营商及其代理用户双方收益，提高虚拟电厂参与电网调控积极性，充分挖掘用户侧灵活资源调节潜力。本发明能够合理考虑虚拟电厂运营商及代理用户双方利益，避免部分用户“超调”或“负调”影响，在虚拟电厂内部达到利益均衡，有效激励虚拟电厂运营商及其代理用户积极参与电网调控。