本发明涉及一种堆垛机变轨系统及堆垛机运输管理方法，包括：主轨道、分支轨道和变轨机构，主轨道包括多条间隔设置的分段轨道；多条分支轨道均设置在主轨道的一侧，多条分支轨道分别对应设置在主轨道的相邻两条分段轨道之间，每条分支轨道与其两侧的分段轨道均间隔设置；多个变轨机构分别对应设置在主轨道的相邻两条分段轨道和分支轨道之间，每个变轨机构均包括：变轨驱动源、主路拼接轨道和支路拼接轨道，变轨驱动源带动主路拼接轨道和支路拼接轨道同步移动，能够实现主路拼接轨道与主轨道中的两条分段轨道的连通，或支路拼接轨道与主轨道中的一条分段轨道和分支轨道的连通。本发明旨在提高堆垛机在仓储环境中的运行效率和可靠性。