本发明涉及一种海上风电机组数据采集方法及系统，方法包括：将目标海上风电场划分为若干巡检区域，获取每个巡检区域的风电机组结构参数和地形数据；根据所述风电机组结构参数和地形数据分别构建每个巡检区域的无人机飞行轨迹，并预设环绕半径和机位角度；基于所述飞行轨迹、环绕半径和机位角度控制无人机对每个巡检区域内的风电机组进行环绕飞行，并在环绕飞行过程中采集风电机组图像和点云数据；基于所述风电机组图像和点云数据构建风电机组三维模型，并结合所述地形数据构建三维地图，将飞行轨迹融合到所述三维地图中，完成所述目标海上风电场的数据采集。本发明能够实现海上风电机组的自主智能巡检。