本公开提供了一种多无人艇协同建图系统，所述系统包括：无人艇环境智能感知系统，用于获取目标区域的点云数据、无人艇的状态信息和定位信息；无人艇控制系统，用于对所述无人艇的航行状态及作业规划进行控制；多无人艇协同规划编队系统，用于对每台无人艇的航行路线以及无人艇间的数据交互进行控制；图像数据处理系统，用于对所述无人艇环境智能感知系统所获得的点云数据进行刚性配准和非刚性配准，生成建图结果；无人艇通讯系统，用于进行无人艇间以及无人艇与地面站的通信以及接收对所述无人艇的操作指令。应用本系统，有效扩大了海上复杂环境下的建图范围，提升了协同建图过程中的效率，减少图像配准的误差。