本发明公开了一种杀菌用对流加热系统及控制方法，包括软管、蠕动泵、恒温水浴锅、冰水浴容器、搅拌装置和热电偶；蠕动泵用于输送原菌液，恒温水浴锅用于加热原菌液，冰水浴容器盛放有冰水混合物，用于原菌液降温，搅拌装置上方放置菌液容器，用于原菌液的搅拌混合；冰水浴容器中放置有无菌试管，软管等距缠绕在不锈钢架上，软管首端连接到蠕动泵，再接入盛放有原菌液的菌液容器内部，之后将软管完全浸泡在恒温水浴锅内，最后将软管末端接入无菌试管内部；热电偶与软管内部连接，用于测量软管内部液体温度。本发明采用对流加热系统能够提高加热速率，精准控制杀菌时间和杀菌温度。