本发明涉及一种微生物抗烟草赤星病剂及其制备方法和应用，属微生物农药技术领域。该制剂的制备工序包括微生物菌株试管种培养、菌株液体种子培养、菌株液体发酵培养。本发明的生产菌株为马来西亚链霉菌(Streptomycesmalaysiensis)ECO 00002，该菌株已于2006年4月17日保藏在中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，保藏编号为：CGMCC No.1680。利用本发明生产的制剂对烟草赤星病具有较好的离体及活体防效，可用于烟草作物上赤星病的防治。本发明具有原料成本低，生产工艺简单易行，防治效果好的优点，具有较好的应用前景。