本发明的方面包括独立使用的探针、方法和系统，并可以包含一种药物发现系统或方法的特点。本发明还包括了药物组合物。更详细地说，本发明包括提供了分子探针以及生产分子探针的方法。本发明还提供了用于新药物发现的系统和方法。本发明的一个实施方案在一个药物发现方法中使用了本发明的探针组和一种新的计算化学方法，该方法与目前所用的组合化学方法相比正获得越来越多的关注。本发明还提供了用于药物发现系统的计算机软件和硬件工具。在本发明的药物发现方法的一个实施方案中，计算机方法和生物筛选方法都被利用来最大化成功的可能性，同时最小化了为获得成功所必需的时间和令人讨厌的实验室步骤的数目。