本发明提供一种燃料电池系统的重整器及其制造方法，以及燃料电池系统。所述重整器包括多个反应基体。每个反应基体具有反应基体主体，该反应基体主体具有流道，所述流道具有形成于其表面的微孔。此外，在反应基体主体的流道内可以形成催化剂层。由于在本发明中提出的用于燃料电池系统的重整器包括带有形成于流道中的微孔的反应基体，所以其具有高的比表面积和高的催化剂活性。而且，由于通过沉积方法形成催化剂层，所以重整器可以具有小的比例，在燃料电池系统中占用很少的空间。