本发明提供了一种燃料电池系统，该系统包括：通过使用热能的催化化学反应从燃料产生氢气流的重整器；以及通过氢气流和氧之间的反应来产生电能的堆体。所述重整器包括：第一反应部分，其用于在启动燃料电池系统期间通过燃料的氧化反应而产生热能；第二反应部分，其与所述第一反应部分连通并且通过使用所述热能的重整反应而从所述燃料产生氢气流；以及，第三反应部分，该第三反应部分与所述第一和第二反应部分连通，并且通过包含在所述氢气流中的一氧化碳的氧化反应产生热能，由此减小氢气流中一氧化碳的浓度。