公开了一种鉴定和/或定位氨基酸序列中复杂模式的方法与系统，所述氨基酸序列储存于计算机文件或数据库中。根据本发明的一个方面，提供有利于蛋白质数据库查询的技术。对于应查询要求接受的蛋白质描述，本发明的实施方案可以扫描接受的蛋白质描述以鉴定且定位Replikin模式。Replikin模式被定义为7－约50个氨基酸的序列，所述序列包括下列3个特征，其中每一个特征均可被本发明的一个实施方案识别：(1)该序列有至少一个赖氨酸残基，其定位于距离第二个赖氨酸残基6－10个氨基酸残基处；(2)该序列有至少一个组氨酸残基；并且(3)该序列中至少6％的氨基酸为赖氨酸残基。