本实用新型公开了一种高效有机蒸发坩埚清洗系统，包括清洗机架和设置在清洗机架上的清洗装置和控制装置，系统中还设有与清洗机架连接的清洗液槽和清洗仓，清洗仓的上端设有与其内腔相连通的进液管、出液管和旋转轴孔，其下端开口；清洗装置包括旋转机构和刷头，旋转机构贯穿所述旋转轴孔，且与位于清洗仓内的所述刷头可拆卸连接；所述清洗液槽中设有进液腔和出液腔，进液管和出液管分别通过一输送泵与出液腔和进液腔对应连通，控制装置分别与输送泵和旋转机构电性连接；需清洗的坩埚一端由清洗仓的开口推入清洗仓中，进液管和刷头伸入坩埚中执行旋转刷洗。本实用新型的清洗装置中的刷头与旋转机构可拆卸连接，可根据坩埚的形状更换对应的刷头形状，实现不同种类坩埚的独立、可控的定制化清洗。