本实用新型提供了一种柔性母联控制器及其控制系统，该柔性母联控制器包括：两个背靠背型模块化多电平换流器；模块化多电平换流器为三相六桥臂结构，各相桥臂的上桥臂和下桥臂均包括电感和与电感串联的n个子模块，其中n为大于1的整数；两个模块化多电平换流器的三相上桥臂和下桥臂分别经开关互连；柔性母联控制器的控制信号输入端设于各相上桥臂和下桥臂的连接点处。本实用新型一端的MMC发生电网故障而退出运行后，另一端的MMC可以通过直流母线提供电压支撑，继续为负荷供电。