本实用新型提供了一种生态保护红线区移动巡查系统，包括远程监控端、移动巡查端、应用服务器和数据库服务器，所述应用服务器与远程监控端和移动巡查端通过无线通讯网络连接，所述数据库服务器与应用服务器连接；所述移动巡查端包括无人飞行器和由所述无人飞行器所搭载的定位模块和摄像模块。所述无人飞行器利用气囊以提供浮力，利用多旋翼装置以实现飞行姿态调整，所述无人飞行器不仅具有无人飞艇续航能力强、悬停性能优异的特点，又具有多旋翼无人飞行器的易于调整控制的性能，所述无人飞行器能满足保护区巡查的要求。所述无人飞行器可替代巡查人员抵达地势险峻的区域开展巡查工作，可提高巡查效率和巡查覆盖面积。