本实用新型实施例公开了一种海床基监测系统，海床基监测系统应用于船体，系统包括：海底基座、CTD传感器、声学多普勒流速剖面仪ADCP、第一声学通讯机、第二声学通讯机、布放装置、回收装置、水面浮标、甲板单元；所述海底基座包括底座；所述CTD传感器、所述ADCP、所述第一声学通讯机、所述布放装置和所述回收装置设置于所述海底基座上；所述第二声学通讯机与所述第一声学通讯机电连接，所述第二声学通讯机还电连接于所述甲板单元，所述第二声学通讯机设置于所述水面浮标上方；所述布放装置和所述回收装置与所述甲板单元电连接，且所述甲板单元设置于所述船体。采用本实用新型，可以实现海床基监测系统不受恶劣天气影响，提升采集海洋数据的可靠性。