本实用新型涉及一种取样控制系统，包括一次取样装置、二次取样装置和控制器；所述一次取样装置和二次取样装置管路连接；所述控制器控制所述一次取样装置和二次取样装置；所述一次取样装置包括一次取样管、中通管、上给水阀、下给水阀和取样阀；所述二次取样装置包括二次取样管、胶管、气缸、取样刀口和取样箱。所述控制器分别控制所述上给水阀、下给水阀、取样阀以及气缸。本实用新型所述的取样控制系统采用新的一次和二次取样方式，实现了根据实际情况和要求自行设定取样时间和次数，整个系统平时达到免维护状态，实现了自动取样功能，同时保证了所取样品的代表性和准确性，完全减轻了工人的劳动强度。