本实用新型公开了一种分离纯化蛋白设备，包括：玻璃化冷冻装置，用于将组织块进行玻璃化冷冻，得到玻璃化冷冻后产物；冻干脱水装置，用于对所述玻璃化冷冻产物进行冻干脱水，获得冻干产物；脱脂装置，用于对所述冻干产物进行脱脂处理，以获得脱脂类冻干本底组分；分子粉体制备装置，用于将所述脱脂冻干本底组分进行分子粉体制备，以得到脱脂冻干本底组分分子粉体；蛋白分离装置，用于将所述脱脂冻干本底组分分子粉体通过气体离心法进行蛋白分离，以分离得到若干蛋白组分；电离纯化装置，对每一所述蛋白组分进行电场分离，从而得到纯化后的蛋白组分。该设备无需加入难以祛除的生理毒性物质，同时工序简单，生产效率高，成本低。