本实用新型公开了一种基于差分电容监控的生物驱逐系统，包括使能触发器、差分电容监控装置及电子生物驱逐器，其中，差分电容监控装置包括探测电容器、参考电容器、差分电容比值变化监测处理器及充电模块。只有当目标生物经过第一目标区域，引起探测电容器的电容值与参考电容器的电容值的比值发生变化时，电子生物驱逐器才开始工作，从而减少现有技术中电子生物驱逐器的无效工作时长，延长电子生物驱逐器的使用寿命，更好的保持对生物驱逐的有效性，不容易因环境因素影响而引起电子生物驱逐器的误启动，且具有监测灵敏、准确性好及监测范围广的优点。