本申请涉及植物检测的技术领域，尤其涉及一种烟株的病菌检测装置。本申请提供了一种烟株的病菌检测装置，所述第一盛放箱和所述第二盛放箱沿所述伸缩杆的中心伸缩；所述第一盛放箱和所述第二盛放箱是中空柱状结构；所述第一盛放箱和所述第二盛放箱的外侧面分别安装给水器，使得所述给水器对所述第一盛放箱和所述第二盛放箱的内部给水；所述第一盛放箱和所述第二盛放箱的底部设有收集盒；所述第一检测针可伸缩设置在所述第一盛放箱的内部，所述第二检测针可伸缩设置在所述第二盛放箱的内部，所述第一检测针和所述第二检测针上设有齿。本申请公开了一种烟株的病菌检测装置，用于解决目前病菌检测装置在检测过程中会对烟草造成损伤的技术缺陷。