本实用新型提供一种以硒复合物包埋乳酸菌的抗氧化活性微胶囊结构，其多层包埋系包含一乳酸菌核包覆乳酸菌营养层及乳酸菌、一保护物质层及一硒复合物抗氧化壳层，其中，保护物质层包覆乳酸菌核中的乳酸菌及乳酸菌营养层，而硒复合物抗氧化壳层包覆该保护物质层；本实用新型利用硒复合物抗氧化壳层和保护物质层及乳酸菌营养层作为包埋结构，可有效保护乳酸菌在进入生物体的消化系统前，保有其活性且不受周遭环境影响，使乳酸菌及硒复合物同时能顺利到达小肠而让乳酸菌定殖于抗氧化的肠道环境；此外，该微胶囊包埋结构较传统冷冻、喷雾干燥粉具较佳的耐酸、耐胆盐、耐胃蛋白酶特性。