本实用新型提供了一种流水线样本自动扫码装置，包括：第一支撑台、电机、链轮、传送带、测试扫描仪和传感器，所述第一支撑台安装在底座一端，所述底座另一端安装有第二支撑台，所述第一支持台外侧安装有第一安装板，所述第一安装板外侧安装有第二安装板，所述电机固定在第二安装板上，所述第二支撑台支撑起支撑板，所述支撑板上架设有龙门支架，所述测试扫描仪滑动连接在龙门支架上。本实用新型所带来的有益效果是：本实用新型在同一底座上架设两条流水线，可同时进行双重扫码作业，提高了工作效率，节省了占地面积；顶部两测试扫描仪可根据被测样品的规格大小在滑轨上移动，减少了不必要的流水线开发资金投入，节约了成本。