本实用新型属于井筒除垢垢屑过滤装置领域，具体涉及一种井筒除垢垢屑过滤系统，包括并联布置的两套垢屑过滤装置，两套垢屑过滤装置一用一备，各垢屑过滤装置分别包括过滤容器，过滤容器上设有流体输入通道，流体输入通道上设有输入控制阀，过滤容器顶部设有流体输出通道，流体输出通道上设有输出控制阀，过滤容器中对应流体输出通道设有过滤结构，用于过滤流体中的垢屑，过滤容器底部设有排污通道，排污通道上设有排污控制阀，用于控制向外排出垢屑。垢屑过滤装置可以对流体中的垢屑过滤，防止垢屑进入生产管线内，而且，两套垢屑过滤装置交替使用，将垢屑从过滤容器中清除时，不会中断流体的输送。