本实用新型涉及一种自动对焦的眼底相机，其包括：用于向眼睛的眼底发射第一光束和第二光束的光源，第一光束为眼睛不敏感的光束；透镜组件；成像元件，其用于接收透过透镜组件的第一光束和第二光束；处理模块，其基于第一光束的波长、透镜组件的屈光度和第一光束经眼底反射并透过透镜组件后的第一对焦位置获得眼球的屈光度，并且基于第二光束的波长、眼球的屈光度和透镜组件的屈光度获得第二光束透过透镜组件后的第二对焦位置；以及驱动机构，其基于第二对焦位置调节透镜组件与成像元件之间的相对位置。根据本实用新型，能够在采集眼底图像时准确地对眼底进行自动对焦，并且能够在对焦过程中有效减少对眼睛的光刺激。