本实用新型提供一种双路互补输出电源系统，包括控制电路，接收外部信号并将其转化为两路PWM信号后输出；保护电路，电性连接所述控制电路，用于将所述控制电路所输出的两路PWM信号调制成不同时为高电平状态的两路调制信号；第一DC-DC输出电路，电性连接保护电路，用于接收其中一路调制信号后根据该信号调节该路负载的输出功率；第二DC-DC输出电路，电性连接保护电路，用于接收另一路调制信号后根据该信号调节该路负载的输出功率；AC-DC电路，用于将系统外部的市电转化为直流电。本实用新型通过简易的电路设计，增设了保护电路，可有效去除边沿重叠效应，避免电源瞬间输出功率超出额定功率，导致电源过载保护或失效，大大提升了双路电源的稳定性和可靠性。