本实用新型涉及变电站设备技术领域，且公开了基于控制器与功率单元分离的特高压串补保护测试系统，包括测试系统控制器和测试系统功率模块，测试系统控制器包括模拟主站单元、1号中央处理单元、1号GPS模块单元、IRIG-B码输出单元、人机界面单元、开入开出单元、1号通讯单元，所述人机界面单元的输出端与1号通讯单元的输入端信号连接，所述1号通讯单元的输出端与1号中央处理单元的输入端信号连接，所述测试系统功率模块包括2号通讯单元、2号中央处理单元、2号GPS模块单元、IRIG-B码输入单元、功率输出单元。通过测试系统功率模块与测试系统控制器的配合使用，从而达到了对整个串补保护系统进行自动测试的效果。