本实用新型公开了一种水下清管器用多通道法兰接头，包括第一法兰、第二法兰、密封垫圈和固定连接第一法兰、第二法兰的紧固组件，在第一法兰、第二法兰相对的法兰面上各开设有一个对应的密封槽，密封垫圈安装在两个密封槽内；在第一法兰、第二法兰上分别均布开设有多个打压通孔和多个连接通孔，第一法兰的打压通孔的一端开口设有第一沉孔，另一端开口向外延伸有凸台；第二法兰的两端开口分别设有第二沉孔和第三沉孔，第二沉孔与凸台匹配且在第二沉孔内设置有橡胶密封圈。本实用新型的法兰接头在应用时，采用一体化装配的方式，满足在线清管作业的工况，减少水下清管器与水下管汇橇接口的对接数量，保障管线不被破坏。