本实用新型公开了一种有效拦截净化农业面源污染的生态治理系统，包括布水渠、生态排水沟和集水渠，布水渠和集水渠并排设置，生态排水沟位于布水渠和集水渠之间，生态排水沟为折流式排水沟，生态排水沟折流入口处与布水渠之间设有进水闸，生态排水沟折流出口处与集水渠之间设有出水闸，生态排水沟沿其延伸方向均布有多个水流减速组件和基质填充模块，水流减速组件和基质填充模块交替分布。该系统中能对农业面源污染的水体进行净化修复，有效减轻水体中氮、磷污染程度，而且能降低水体净化成本，大幅度减轻净化水体的劳动强度，还能美化水体环境。