本实用新型公开了一种软式内镜运输盒，包括盒体、盒盖和将盒体与盒盖连接的铰链，所述盒体内设有内镜定位组件，所述盒体的前、后两端内壁上设有通气孔，所述通气孔上设有气阀装置，所述盒体与盒盖之间设有锁扣机构。本实用新型的结构设计合理，属于消毒灭菌技术领域，通过内镜定位组件对软式内镜的各个部位进行有效定位，防护性好，有效防止内镜受到磕碰；设置了气阀装置，可以对盒体内的内镜进行环氧乙烷灭菌，可满足软式内镜进行集中式清洗消毒灭菌处理的要求；而且气密性好，可以防止内镜受到污染；运输盒开关快捷方便，保证转运盒在灭菌以及转运过程中良好固定，提高内镜的安全。