本实用新型提供一种处理含硫酸盐及氟离子矿井水的系统，包括调节池、UASB反应器、MBR反应器、复合生态滤床单元，调节池用于改善矿井水COD与SO42‑之比，UASB反应器用于去除硫酸盐，MBR反应器用于固液分离，复合生态滤床单元用于除去氟离子。本实用新型是为了解决矿井水硫酸盐浓度及氟离子浓度超标的问题，提供一种高效率、低成本地去除矿井水中硫酸根离子及氟离子的处理系统，采用UASB后连接MBR然后进入后端多层级填料过滤区的系统进行矿井水和生活污水的协同处理，减少工艺步骤和反应池面积，MBR产生的微生物泥主要富集在MBR反应池填料内，减少污泥排泥量，最终出水达到地表III类水中的COD，TDS，F‑和SO42‑的标准。