本实用新型公开一种核酸样品保存装置，属于样品保存技术领域。所述核酸样品保存装置包括工作台、第一制冷座、第二制冷座、第一制冷组件和第二制冷组件。第一制冷座设于工作台上，用于放置96孔板，第一制冷座上设有与96孔板底部相对应的96个凹坑；第二制冷座设于工作台上并与第一制冷座同侧设置，能够同时放置八联管和UP管；第一制冷组件和第二制冷组件设于工作台背离第一制冷座和第二制冷座的一侧，第一制冷组件与第一制冷座对应设置，第二制冷组件与第二制冷座对应设置。本实用新型能够放置不同规格的样品容器，适用范围广，且低温保存效果好。