本实用新型涉及单元式屋面建筑技术领域，提供了一种变形缝防水结构，包括防水层、支撑层；其中，防水层包括第一防水层和第二防水层，第二防水层的中部凹设于变形缝内，且两侧与屋面基层固定连接；支撑层设于第二防水层上方，并嵌设在变形缝内；第一防水层铺设于基层上，并将变形缝覆盖。该变形缝防水结构可有效掩盖单元式屋面上的变形缝，使其隐形更加美观，同时平铺的第一防水层使屋面更加平整不影响屋面排水，且双层防水和支撑层的设置使屋面具有优良的防水性和承重能力。