本实用新型公开了一种复杂背景下水电站无人机防御系统，包括识别单元，包括探测模块、与所述探测模块连接的第一单片机，以及对比单元；以及，预警单元、与所述识别单元连接，包括与所述对比单元连接的第二单片机、与所述第二单片机连接的预警模块，以及与所述预警模块连接的干扰模块。本实用新型通过识别单元对侵入水电站的无人机进行探测和识别，再通过预警单元针对性的进行警报和打击，能够对重点区域进行侧重监察、对特定侵入方式重点关注、对侵入数量超标的侵入行为重点打击等，保证了水电站或其他反恐重点保护对象的正常、稳定运行，保证了相关区域内设备的有效运作。