本实用新型属于燃料电池制备技术领域，具体涉及一种熔融碳酸盐燃料电池密封结构及其应用。按照对角线尺寸由大到小的顺序，该熔融碳酸盐燃料电池密封结构包括依次叠加设置的电极、冲孔板和流场板。该熔融碳酸盐燃料电池密封结构在不外加密封件的情况下可以具有较好的密封性，降低了泄露风险，同时将该熔融碳酸盐燃料电池密封结构用于电池制备中，还可以减小电极的间距，增大电池体积功率密度；另外由于不外加密封件还可以减轻熔融碳酸盐燃料电池密封结构的重量，进一步提高功率密度。