本实用新型提供的一种用于海底数据舱的冷却系统及其海底数据舱，冷却系统包括：第一换热装置安装在海底数据舱上，其内部具有循环流通的第一冷媒，第一冷媒用于吸收海底数据舱内的热量；第二换热装置，通过第一管路与第一换热装置连通，第一管路用于流通所述第一冷媒；第二换热装置具有开环冷却通道和闭环冷却通道，两个冷却通道互不连通；开环冷却通道内流通有海水，通过海水对第一冷媒进行降温；闭环冷却通道内流通有第二冷媒，通过第二冷媒对第一冷媒进行降温；控制模块分别与开环冷却通道以及闭环冷却通道信号连接，用于根据海水温度、来控制所述开环冷却通道以及闭环冷却通道的通断。本实用新型的冷却系统，能够适应不同的地区的海底数据舱。